본작의 스토리 설정은 모리온 항공의 기획안을 베이스로, 오카모토, 코바야시, 오코우치, 설정 고증의 시라토 세이이치가 구체적인 내용을 채우는 방법으로 제작되었다. 기획안은 동인지색이 강했기 때문에 현재의 구성에 원형은 거의 없지만, 타이틀 워드나 캐치 카피는 그대로 활용되어 거기에 코바야시가 생각한 '저주'나 '주박'이라는 키워드가 요소로서 짜넣어졌다. 《수성의 마녀》라는 타이틀은 처음부터 제안된 것으로, HISADAKE는 먼 곳에서 소녀가 건담과 오는 이미지가 먼저 있어, 거기에서 기존의 이야기에서는 그다지 개척되지 않았던 수성과, 변경의 땅 에서 태어나 자란 소녀보다 연상하여 마녀가 상기되었다고 말한다. 또, 마녀는 이단적이고 선진적인 존재로, 뿔이 난 상징을 믿었다는 점에서 건담과의 궁합이 나쁘지 않다고 판단되어 타이틀안이 되었다