원호가 '平誠'으로 바뀐지 20년이 지난 21세기 초의 일본. 쇄국은 풀렸지만 도쿠가와 막부의 치세는 계속되고 있었다, 아버지가 실종된 후, 부오우 학원의 학교 시설인 야규도장의 사범대로서 부오우 학원으로 전학 온 야규 무네아키라는 첫날부터 오해로 인해 풍기 위원회에 쫓기게 되고, 위기의 순간 갑자기 하늘에서 전라의 미소녀가 떨어진다. 그리고 우연찮게 키스하는 두 사람. 그 순간 그 소녀를 엄청난 검기로 시노비 군단을 격퇴하게 되지만, 이것은 그가 겪을 일의 시작의 불과했다.