학원도시제 우주 엘리베이터, 「엔디미온」 그 완성을 목전에 둔 어느날. 카미조와 인덱스는 무능력자(레벨0)인 소녀, 메이고 아리사와 만난다. 인덱스와 아리사가 「왕성한 식욕」이라는 의문의 유대로 의기투합하여, 3명이서 방과후를 즐기고 있던 때, 마술사를 거느린 스테일이 갑자기 습격해왔다. 그 타깃은 아리사였다. 카미조와 인덱스, 그리고 아리사를 둘러싼 상황이 더없이 혼미에 이르는 중, 스테일은 이렇게 말했다. 「그쪽의 그녀는, 마술사이드와 과학사이드의 사이에 전쟁을 일으킬 지도 모른다.」라고───. 과학과 마술이 교차할 때, 「엔디미온」을 무대로 이야기가 시작된다───!