카나메 마도카는 요즘 꿈속에서 전투를 벌이고 있는 소녀와 자신과 마법소녀 계약을 하자고 하는 동물을 만난다. 이상한 기분이 들지만 학교에 등교한 마도카는 새로온 전학생이 자신이 꿈에서 본 소녀와 완전히 똑같다는 사실에 당황하는데. 자신을 아케미 호무라라고 소개한 그녀는 공부와 운동 못하는게 없는 만능소녀다. 마도카가 하교하는 도중 구해달라고 하는 소리를 듣고 어디론가로 향하자 꿈속에서 본 동물을 발견하게 되고 그 앞에는 어째서인지 마법소녀의 차림인 호무라가 서있는데.