2006년판과 달리 에피소드를 원작에서 제시되는 시간 순서대로 재배치해서 방영했으며 기존 방영분은 작화가 수정된 DVD 수록분을 방영 + 중간중간 신규 에피소드를 넣었다. 1화~11화(기존, 8화만 신규), 12화~24화(신규), 25화~28화(기존). 그렇기 때문에 2009년의 2기 회차만으로도 1기 회차를 다 볼 수 있고 시간 순서도 제대로 끼워 맞춰진 상태라 현재 들어서는 굳이 오리지널 1기만 들어있는 방송 회차를 찾을 이유가 없다. "평범한 인간한테는 관심 없습니다. 이 중에 우주인, 미래인, 초능력자 있으면 나에게 오세요. 이상!" 입학식 날 자기소개로 급우 전원을 황당하게 만든 스즈미와 하루히는 100% 진심이었다! 의문의 단체 SOS단을 결성한 하루히. 그런데 요즘 왠지 상태가 이상하다. 우주인도, 미래인도, 초능력자도 못 찾아내는 상황에 하루히의 짜증은 계속 쌓아가기만 할 뿐. 하루히의 폭주에 말려든 쿈의 운명은 대체 어디로 굴러가는가…?!