각국의 분할 정치를 받고 있는 중세의 신주(神州)-일본. 그 상공을 8척으로 이루어진 도시함(都市艦) 무사시가 항행하고 있다. 머나먼 미래. 前 지구 시대의 역사서 《성보(테스타먼트)》에 따라서 세계는 역사를 재현하고 있다. 하지만 역사 기술은 1648년 이후가 없는 채로 멈춰버린다. 그것은 운명이 멈추고 세계가 끝난다는 것. 사람들은 저마다의 생각과 결의를 가슴에 품고, 미래를 손에 넣으려 하고 있었다. 그러던 중, 《무사시》에 살고 있는 한 소년이 일어선다. 그의 이름은 아오이 토리. 세계각국과 일본이 공존하는 중세의 세계를 무대로, 학생들에 의한 학원 국가간의 항쟁이 시작하려 하고 있다!