석기시대부터 현대문명까지 과학사 200만 년을 뛰어오른다! 전대미문의 크라프트 어드벤처, 여기 개막! 전 인류가 수수께끼의 현상에 의해 순식간에 석화되고 수천 년. 초인적인 두뇌를 가진 천재 과학 소년 센쿠가 깨어났다. 문명이 멸망한 스톤 월드 앞에서 센쿠는 과학의 힘으로 세계를 되찾을 것을 결의. 새로운 동료를 모아 ‘과학 왕국’을 만든다. 하지만 그때 영장류 최강 고교생 시시오 츠카사가 이끄는 ‘무력 제국’이 앞길을 가로막는다. 인류 정화를 목표로 강력한 무력을 앞세워 과학 발전을 저지하려는 츠카사. 과학 vs 무력의 싸움은 격투 끝에 센쿠 일행의 과학 왕국이 승리하고 두 나라는 마침내 화해한다. 동료의 배신으로 콜드 슬립 상태가 된 츠카사. 그리고 전 인류를 부활시키기 위해 과학 왕국은 석화 광선의 발생원, 지구의 뒤편인 신세계로 향한다. 세계에 갑자기 나타난 석화의 수수께끼를 풀기 위해서 스톤 월드 대항해 시대가 드디어 시작된다!